Sau ngày tốt nghiệp, ông gặp một biến cố lớn, Bảo Đại bị Ngô Đình Diệm phế truất, tài sản riêng của cha ông ở cả Pháp và Việt Nam bị chính quyền Ngô Đình Diệm tịch thu[5]. Bảo Long trở thành một người sống lưu vong, giấy tờ duy nhất còn giá trị mà ông có là hộ chiếu ngoại giao cho công dân Liên hiệp Pháp.

Quân đội Pháp không công nhận ông là sĩ quan Pháp mà chỉ là một sĩ quan ngoại quốc. Phẫn uất, ông gia đăng lính Lê dương Pháp, chiến đấu ở Algérie.

Tại chiến trường, ông chỉ huy một chiến xa trinh sát EBR (Engin blindé de reconnaissance), và trong quá trình chiến đấu được quân đội trao tặng hai huy chương[8], được phong Trung tá Danh dự của Trung đoàn Ngự lâm Quân và Đại tá Danh dự của Vệ Binh Hoàng gia [9].

Việc một hoàng thái tử đi lính nước ngoài này đã gây nên những lời phê phán từ Nguyễn Phước tộc và nhiều người Việt khác[5]. 10 năm sau, Bảo Long được giải ngũ nhưng ông vẫn tỏ ý muốn ở lại để chết trên chiến trường[8].

Sau đó, ông theo học ngành Luật và Khoa học Chính trị tại Paris. Ông vào làm trong một ngân hàng của gia đình bên ngoại rồi sống lặng lẽ, không dính đến việc chính trị[5][9]. Tuy nhiên, ông đã từng cộng tác với Hoàng tử Bảo Vàng (con của vua Duy Tân) trong nhiều dự án về từ thiện, giáo dục và văn hóa cho người Việt Nam [9].